作为我国目前唯一的野生药用生物种质资源类型自然保护区，大盘山自然保护区在重视管护的同时，大力开展药用植物多样性和药用价值研究，现已取得多项成果。
大盘山自然保护区分布着许多珍贵的药用植物，是“浙八味”中白术、白芍、玄参、元胡、贝母的原产地。大盘山管理局和省生物多样性研究中心合作，组织开展了保护区本底资源调查，通过一年多时间的努力，基本查清了保护区的自然资源，并提出了相应的保护对策。目前保护区内保存野生药用植物764种，占全省药用植物种数的42．8％。
在查清本底的基础上，管理局与省内外科研机构、大专院校合作，实施了《浙江大盘山国家级自然保护区七子花林的保护与繁殖研究》、《野生元胡种群特征监测》等一批科研项目，取得了初步成果。其中“大盘山为世界七子花分布中心”得到专家确认，“大盘山首次采集到野生元胡种子”在业内引起很大反响。根据科研工作需要，管理局在石上保护站建立了面积35亩的科研驯化基地。
在科研的同时，管理局建立了网站和标本陈列室，建起了对外宣传交流网络平台，面向社会直观展示自然资源。今年，省绿化委员会、省林业厅、省环保局等8家单位联合命名大盘山自然保护区为“浙江省生态道德教育基地”。
